W utrzymywaniu higieny jamy ustnej u osób noszących aparat ortodontyczny pomaga wiele produktów oraz preparatów. Częste mycie zębów ma duże (jak nie najważniejsze) znaczenie. Należy oczyszczać każdy element aparatu i wszystkie powierzchnie zębów, aby zapobiegać próchnicy oraz tworzeniu się kamienia nazębnego.
Do dbania o higienę jamy ustnej służą różne akcesoria w tym specjalne szczoteczki ortodontyczne czy też płyny do płukania jamy ustnej. Należy pamiętać, że dokładne oczyszczenie zębów przy aparacie wymaga więcej czasu. Dlatego szczotkowanie warto uzupełniać szczoteczkami międzyzębowymi (wąskie, o spiczastym zakończeniu), które dzięki temu, że mają małe rozmiary, docierają do praktycznie każdej szczeliny między zębami. Niezbędne będzie również stosowanie nici dentystycznych – na rynku dostępne są nici przeznaczone specjalnie dla osób noszących aparat. Po każdym czyszczeniu należy upewnić się, czy wszystkie szczeliny i klamry aparatu są czyste. Dodatkowo szczoteczkę do zębów zawsze warto mieć przy sobie, by móc po nią sięgnąć, gdy resztki pokarmu utkną między zębami, a elementami aparatu. Nie bez znaczenia pozostaje dieta – lepiej unikać produktów kleistych, które mogą oblepiać się na aparacie, oraz bardzo twardych mogących go uszkodzić.
Dbanie o prawidłową higienę jamy ustnej ma również istotny wpływ na przebieg leczenia. Proces noszenia aparatu może również podrażniać jamę ustną. Osoby noszące aparat stały mogą mieć problem z nieświeżym oddechem oraz chorobami dziąseł.